انیمه بتمن نینجا در مقابل لیگ یاکوزا 2025 خانواده‌ بتمن به زمان حال بازگشته‌اند و متوجه شده‌اند که ژاپن ناپدید شده و یک جزیره‌ غول‌پیکر به نام هینوموتو اکنون در آسمان شهر گاتهام قرار دارد. در رأس این جزیره، یاکوزاها قرار دارند، گروهی از افراد دارای قدرت‌های فوق‌العاده که بدون شرافت یا انسانیت حکومت می‌کنند و به طرز مشکوکی شبیه به لیگ عدالت هستند.