در راه بازگشت از مدرسه، کونوها کوگا، ساتوکو کوساگاکوره، نینجایی که از روستایش فرار کرده را نجات می‌دهد. خیلی زود، تعقیب‌کنندگان از روستا به دنبال ساتوکو می‌آیند، اما کونوها با مهارت بالای خود از پس آن‌ها برمی‌آید. معلوم می‌شود که این دانش‌آموز دبیرستانیِ به‌ظاهر معمولی، در واقع یک آدمکش حرفه‌ای است. این‌گونه زندگی مشترک بی‌رحمانۀ یک نینجا و یک آدمکش آغاز می‌شود!